ストーリー

　「FINAL FANTASY VII」から巡ること7年前。
　「魔晄エネルギー」の独占と強力な軍事力を背景に世界への影響力を急速に強めていた「神羅カンパニー」。
　その拠点であり、繁栄の象徴でもある魔晄都市「ミッドガル」は急ピッチで建設が進められ、
　神羅の完全なる覇権確立も間近に迫っていた。
　神羅は「ソルジャー」とよばれる強力な戦闘能力を持つ兵士の組織をしており、
　中でも特に優秀な者はソルジャー・クラス1stと呼ばれ、
　庶民の尊敬と羨望の的となっていた。
　ソルジャー・クラス2ndザックスもクラス1stに憧れる青年の1人。
　先輩でありよき指導者であるソルジャー・クラス1stのアンジールとともに日々の任務に励んでいた。
　そんな中、ウータイでの作戦行動中にソルジャー・クラス1stの
　ジェネシスと共に多くのソルジャーが行方不明になるという「ソルジャー大量失踪事件」が発生する。
　事態を重くみた神羅上層部は、戦争の終結と事件解明のためにソルジャー投入を決定し、
　ザックス、アンジール、そして英雄としてその名を世界に
　とどろかせたソルジャー・クラス1stセフィロスがウータイへと派遣されることとなった…
　ジェネシス失踪の真相とは？
　3人のソルジャー・クラス1stに隠された秘密とは？
　過酷な運命の戦いがザックスを待ち受ける。